An dem Modellversuch nahmen 44 Pilotschulen verschiedener Schularten teil. Den Kern von MODUS 21 bildeten vier modulare Arbeitsfelder: Qualität von Unterricht und Erziehung, Personalmanagement und Personalführung, inner- und außerschulische Partnerschaften und Sachmittelverantwortung. Abgesehen von dem obligatorischen Modul „Qualität von Unterricht und Erziehung“ konnten die Schulen innerhalb der übrigen Arbeitsfelder individuelle Schwerpunkte setzen. Sie verfügten über verschiedene Gestaltungsmöglichkeiten, etwa bei der Besetzung freier Stellen oder bei der Verwendung des Sachmittelbudgets. Bei der Erprobung innovativer Unterrichtsformen wurden neuen Modelle der Individualförderung und der Konzeption moderner Prüfungsverfahren Priorität eingeräumt.